เรื่องราวของโลกมนุษย์ที่ถูก Godzilla และเหล่าไคจู ฝ่ายมนุษย์ที่แม้จะมีมนุษย์ต่างดาวมาช่วยก็ยังไม่สามารถต้านทานได้ พวกเขาตัดสินใจหลบหนีไปยังอวกาศเพื่อค้นหาดาวดวงใหม่ แต่กว่า 20 ปีของการค้นหากลับพบแต่ความว่างเปล่า ในขณะที่คนในยานเริ่มหมดอาลัยตายอยากมากขึ้นเรื่อยๆ พวกเขาตัดสินใจกลับมายังโลก ก่อนจะพบว่าการวาร์ปในอวกาศ ทำให้เวลาในโลกผ่านไปแล้วกว่า 2 หมื่นปี…และ Godzilla ยังไม่ตาย